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Die Fütterung von Silage hat viele Vorteile. Vor allem für die Fütterung von stauballergischen Pferden ist Silage sehr beliebt. Doch in den gepressten Silageballen können ernsthafte Gesundheitsgefahren lauern. Gerät beim Pressen der Silage ein Nager oder ein Vogel zwischen die Silage, wird der Ballen zum idealen Brutort für das gefährliche Bakterium Clostridium Botulinum. Kleintiere nehmen den Erreger oft auf Feldern auf, auf die er wiederum durch Düngemittel gerät. Insbesondere die Düngung mit Hühnermist aus Großbetrieben ist besonders kritisch, denn in den Verdauungsorganen von Vögeln findet sich das Bakterium besonders oft. Doch das Bakterium kann auch direkt aus dem verunreinigten Boden in die Silage gelangen, deshalb ist bei Großsilageballen mit besonders feuchten, erdigen Stellen Vorsicht geboten.
Clostridium Botulinum ist deshalb so gefährlich, weil es häufig das Nervengift Botulin als Ausscheidungsprodukt freisetzt. Bereits 50 bis 100gramm verunreinigte Silage aus der direkten Umgebung des Tierkadavers reichen aus, um ein durchschnittliches Pferd tödlich zu vergiften. Fälle von Botulismus kommen relativ selten vor, verlaufen aber in den meisten Fällen tödlich. Übersteht das Pferd unter intensiver medizinischer Betreuung die ersten acht bis zehn Tage, gibt es Hoffnung, dass es wieder gesundet. Oft dauert die Rekonvaleszenz aber sehr lange und das Pferd erholt sich nie vollständig.
Pferdehalter sollten deshalb für die Symptome von Botulismus besonders sensibel sein. Vergiftete Pferde zeigen Lähmungserscheinungen und gehen auf einmal schwankend oder steif, schleifen mit den Hinterhufen über den Boden. Da meist alle Muskeln im Bereich des Kopfes gelähmt sind, hängt das Gesicht schlaff herunter, das Pferd speichelt, die Zunge hängt heraus. Die Pupillen sind stark geweitet, die Muskeln zittern und die Hinterbeine einbrechen. Im späteren Stadium liegt sich das Pferd bei vollem Bewusstsein fest, bekommt Atemnot. Der Tod wird meist durch Atemlähmung verursacht.
Die beste Behandlungsmöglichkeit von Botulismus ist die Vorbeugung. Es gibt eine Liste an Sicherheitsvorkehrungen, die getroffen werden können. So sollten beispielsweise Mäuse und Ratten im Stallbereich nicht mit Giften bekämpft werden, denn auf diese Weise würden sie sich in die Heulager zurückziehen, dort verenden und möglicherweise zur Brutstätte von Clostridium Botulinum werden. Besteht in einem Stall der Verdacht auf eine Botulin-Vergiftung, sollten umgehend Proben von den Weideböden, der Einstreu, dem Futter und den Tränken genommen und untersucht werden, um weitere Vergiftungen zu vermeiden.
Silage sollte niemals auf mit Mist oder Gülle gedüngten Wiesen gewonnen werden, da dieser Dünger eine vermehrte Infektionsgefahr birgt. Beim Heuschnitt sollte darauf geachtet werden, nicht zu nah über dem Boden zu schneiden, damit keine Erde und keine Erreger in das Heu gelangen können. Auch der Einsatz von Wildrettern, welche Tiere aus dem Gras vertreiben, bevor es gemäht wird, kann helfen, denn so wird das Einpressen von Tierkadavern verhindert. Bei der weiteren Lagerung sollten Heu und Silage vor Nagern und Vogel geschützt werden. Pferdehalter sollten die Qualität der Silage kritisch vor jeder Fütterung kontrollieren.